CSM.Dev

2 Pommity:
Adobe Audition. В плане пакетной обработки, из плюсов - гибкая система переименования, возможность выбора разных форматов конвертации для файлов с разными характеристиками, поддержка записываемых скриптов (а-ля ФШ). Из минусов - более медленная (примерно на 10-20%) работа из-за создания пик-файлов и вывода в окно анализатора для каждого конвертируемого файла. Хотя лично меня подобное не напрягает.

Но самый, пожалуй, "православный" вариант для твоих целей - это mencoder (или его подвид - ffmpeg).